常用的多肽的书写有两种形式——单字母和三字母形式。
无论是哪一种形式书写。只要是同一条肽链,则它所表达的多肽结构就是一样的。书写出来的多肽序列不只是自己能明白,还让其他人可以正确理解。为避免出现解读分歧;国际 上统一规定:多肽的N端(氨基端)在左边,多肽的C端(羧基端)在右边。
1.
多肽的单字母书写
顾名思义就是一个字母代表一个氨基酸(方便记录和书写)。氨基酸的单字母选择也不是随意的。目前我们通用的单字母规则主要是常见的20种氨基酸,氨基酸用大写字母(L-氨基酸)表示。
例如A表示L-丙氨酸(Alanine)、C表示L-半胱氨酸(Cysteine)和G表示L-甘氨酸(Glycine)。
如果氨基酸的构型改变,例如D-丙氨酸(Alanine),在用单字母表示时,我们则是用小写字母表示。例如D-丙氨酸(Alanine)用a表示,D-异亮氨酸(Isoleucine)用i表示和D-甲liu氨酸(Methionine)用m表示。
2.
多肽序列单字母书写举例
多肽序列1: GTFLVRCDMA,共10个氨基酸,所有 字母均是大写,则表示所有 的氨基酸均是天 然存在的L型氨基酸。
多肽序列2:GTFLvRCdMA,共10个氨基酸,序列里面有两个氨基酸是小写,说明对应的两个氨基酸是D型氨基酸。
多肽序列1:GTFLVRCDMA 也可以写成H-GTFLVRCDMA-OH,左边的H-代表N端的氨基,右边的-OH 代表C端的羧基。不过一般通常为了美观整齐,H-和-OH同时写或同时不写。
多肽序列3:GTFLVRCDMA-NH2,与多肽序列1的区别是,右边多了-NH2,代表C端酰胺化。
多肽序列4:AC-GTFLVRCDMA,与多肽序列1的区别是,左边多-AC,代表N端乙酰化。
3.
多肽的三字母书写
顾名思义就是三个字母代表一个氨基酸,并且三字母和前面提到的单字母是一一对应关系。三个字母中,迪一个字母大写,后面两个字母小写,如丙氨酸(Alanine)用Ala表示、半胱氨酸(Cysteine)用Cys表示。多肽三字母书写举例多肽序列1对应的三字母书写为:H-Gly-Thr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH.
多肽序列3对应的三字母书写为:H-Gly-Thr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-NH2,C端酰胺化。
多肽序列4对应的三字母书写:Ac-Gly-Thr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH左边多-Ac,代表N端乙酰化。
4.
te 殊多肽序列的书写
例如:磷酸化氨基酸的书写,
:H-Gly-pThr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH
:H-Gly-Thr(PO3H2)-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH
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